Minoritský klášter svatého Františka a svaté Kláry se společným kostelem Božího těla a Bolestné Panny Marie byl založen roku 1350 Rožmberky. Klášter byl koncem 15. století goticky přestavěn, kostel byl barokně upraven Stefanem Pertim a Jakubem de Maggim v letech 1649 - 1681.
Kostel je dvoulodní s obdélným presbytářem zaklenutým křížovou klenbou, loď je sklenuta valenou klenbou s výsečemi. Druhá loď vznikla připojením části křížové chodby kláštera. Z jihu je ke kostelu připojen pozdně gotický ambit kláštera s hodnotnými klenbami.
Vnitřní zařízení kostela je barokní ze 17. a 18. století.