Dvoulodní kostel svatého Prokopa byl vystavěn na lichoběžníkovitém půdorysu spolu se strakonickým hradem ve 13. století. Kostel má čtyřboce uzavřený presbytář s opěráky a věžovou sakristií, který nahradil koncem 13. století původní apsidu. Monumentální hranolová věž byl ke kostelu přistavěna při barokních úpravách v letech 1714-1722.
Hlavní loď chrámu a presbytář jsou sklenuty renesanční žebrovou křížovou klenbou ze 16. století.
V západní části lodi stojí zdvižena na čtyřech hranolových pilířích románská tribuna, která je přístupná hodnotným portálem pocházejícím z poloviny 13. století.
Vybavení kostela je převážně barokní z první čtvrti 18. století, hlavní oltář pochází z roku 1788. Gotické malby na stěnách jsou z doby kolem roku 1340.
Ke kostelu přiléhá rajský dvůr, který je obklopen čtyřkřídlým ambitem. Ten pochází ze 13. století a je sklenut raně gotickou křížovou klenbou. Na jeho zdech jsou nástěnné malby ze začátku 14. století. Pozdně románským portálem se vstupuje do obdélníkové kapitulní síně kláštera. Na jejích stěnách se dochovala figurální výzdoba z počátku 14. století, která spolu s malbami v ambitu tvoří nejrozsáhlejší a nejhodnotnější soubor českého malířství první poloviny 14. století.