Řeka Nežárka je největším přítokem řeky Lužnice, do níž se vlévá zprava ve Veselí nad Lužnicí.

Vzniká spojením říček Kamenice a Žirovnice u Jarošova nad Nežárkou severovýchodně od Jindřichova Hradce. Krátce za soutokem obou pramenných větví protéká Nežárka městem Jindřichův Hradec a pokračuje jihozápadním směrem otevřeným údolím ke Stráži nad Nežárkou. Zde se její tok zvolna stáčí k severozápadu. Poblíž Jemčiny přibírá zleva Novou řeku, kanál vybudovaný k regulaci průtoku Lužnice rybniční oblastí na Třeboňsku. Od Stráže nad Nežárkou pokračuje řeka k Veselí nad Lužnicí, kde končí svůj tok ústím do Lužnice.

Nežárka je typická nížinná řeka s pomalým proudem, zadržovaným na svém toku četnými jezy. Je oblíbená mezi vodáky, sjízdná je zejména na středním a dolním toku. Vyniká velkou čistotou vody, a proto je velmi často vyhledávána k rekreaci a koupání.
Od pramene až k soutoku s Lužnicí měří její tok 56 km. Odvodňuje území o rozloze 1.007 km čtverečních.

Mezi Stráží nad Nežárkou a Jemčinou sleduje tok Nežárky trasa žluté turistické značky. V úseku mezi Jemčinou a osadou Hamr vede okolo řeky trasa zelené značky.