Řeka Malše je pravostranným přítokem řeky Vltavy, do níž se vlévá na území Českých Budějovic.

Pramení na rakouské straně Novohradských hor na svazích hory Virehberg (1.114 m) ve výšce 900 m n.m. V Rakousku protéká lesnatými údolími směrem k severu, po překročení státní hranice uhýbá na severozápad a tvoří až k Dolnímu Dvořišti, kde se její tok stáčí na sever, státní hranici (asi 25 km). Až k soutoku s Vltavou již směřuje tok Malše stále na sever. Cestou přibírá nejprve vody Tiché, jižně od Kaplice Kamenice a pod Kaplicí Černé (všechny jsou pravostrannými přítoky). Údolími s lesnatými srázy míří pod Velešínem k Římovu, kde její tok přehradila Římovská přehrada. Pod Římovem přibírá zprava ještě vody Stropnice a pak již její tok ubíhá až k soutoku s Vltavou v Českých Budějovicích.

Malše je velmi romantická jihočeská řeka, jejíž okolí je vyhledávanou rekreační a turistickou oblastí. Častými hosty jsou na ní i vodáci, pro jejichž lodě je sjízdná od Dolního Dvořiště. Malše odvodňuje území o ploše 979 km čtverečních, dosahuje celkové délky 92 km. Celkový spád toku mezi pramenem a ústím do Vltavy činí 519 m.

Podél Malše vede od Rychnova nad Malší (ves, ležící asi 2 km severovýchodně od Dolního Dvořiště) trasa modré turistické značky až do Českých Budějovic. Napojení na její trasu je možné zejména v Kaplici, Římově nebo v Doudlebech.